В пределах современной черты города Краснодара, на берегу реки Кубани, располагался древний город Боспорского царства и крепостное укрепление (на территории нынешней станицы Елизаветинской). Согласно открытиям Западно-Кавказской археологической экспедиции в центре города было обнаружено крупное меотское городище, существовавшее здесь с IV или III века до нашей эры; центр этого древнего городища, предположительно, находился в районе нынешнего парка «Городской сад», по обе стороны реки Карасун. Оно тянулось вплоть до слияния с Кубанью-рекой. Также в тот же период времени недалеко от древнего городища находился замок царя Арифарна, который принимал участие в борьбе за Боспорский престол. Основными жителями здесь в то время, предположительно, были меоты, скифы и сарматы. Ориентировочно, в VI веке до нашей эры в этом месте проживало до 2 тысяч человек и более 40 тысяч в окрестностях. Также, исследователями отмечены широкие экономические связи этого региона (помимо кавказского) с такими регионами, как Крым и Ближний Восток, а также с эллинской и римской цивилизациями, а затем — с Византией.

На территории города Краснодара до сих пор находят следы других древних городищ, история которых начинается с VI века до нашей эры, а в районе нынешнего городского сада были обнаружены следы неолитической стоянки первобытного человека, возраст которых насчитывает около 22 тысяч лет.

30 июня 1792 года Черноморскому казачьему войску императрицей Екатериной II была выдана Жалованная Грамота, по которой казакам, служившим и живущим здесь, на вечное владение передавалась кубанская земля, ограниченная рекой Кубанью и Азовским морем, а с востока условной линией от устья Лабы-реки до Ейского городка. В 1793 году черноморскими казаками был основан нынешний город Екатеринодар, первоначально как военный лагерь, а позднее как крепость. Своё название город получил как дар императрицей Екатериной II черноморским казакам кубанской земли (дословно Екатеринодар означает дар Екатерины). Первым городничим войскового града Екатеринодара до января 1795 года был Данила Савинович Волкорез.

18 сентября 1794 года землемер Гетманов начал размежевание и разбивку улиц города по плану, утверждённому Таврическим генерал-губернатором Семёном Семёновичем Жегулиным. Согласно этому плану на берегу реки Карасун расположена войсковая крепость, в центре которой расположена церковь, а вокруг сей — курени-казармы; севернее крепости рубили леса и возводили жилые дома черноморцев. По переписи, проведённой 11 ноября 1794 года городничим, в Екатеринодаре проживало 586 человек, построено 9 домов, 75 хат, 154 землянки, вскоре число дворов возросло до 370.

С 1860 года Екатеринодар стал административным центром образованной Кубанской области. Статус города Екатеринодар получил только в 1867 году. С проведением в 70—80-х годах XIX века железной дороги на Северном Кавказе (Тихорецк — Екатеринодар — Новороссийск) город превратился в крупный торгово-промышленный и транспортный центр северо-кавказского региона.
Сейчас большой популярностью пользуются по всей стране ванны Краснодар.