Первым учебным заведением, обучающим по программе высшего образования, можно считать Уфимский учительский институт, организованный в 1909 году. В 1920 году он был преобразован в институт народного образования, затем в Башкирский педагогический институт, в 1957 году - в Башкирский государственный университет.

Высшие учебные заведения в Уфе, такие как Башкирский государственный университет (БашГУ), Уфимский государственный авиационный технический университет (УГАТУ), Уфимский государственный нефтяной технический университет (УГНТУ), Уфимский государственный университет экономики и сервиса (УГУЭС), Башкирский государственный медицинский университет (БГМУ), Башкирский государственный аграрный университет (БГАУ), Башкирский государственный педагогический университет имени М. Акмуллы (БГПУ), Башкирская академия государственной службы и управления при Президенте Республики Башкортостан (БАГСУ), Уфимский юридический институт МВД России (УЮИ МВД РФ), Уфимская государственная академия искусств имени Загира Исмагилова (УГАИ) являются основными центрами подготовки научно-педагогических кадров в республике. В Уфе действуют три докторантуры вузов города.
Если надумаете посетить город, загляните в рестораны Уфы.
Уфимские вузы БашГУ, УГАТУ, УГНТУ имеют высокий рейтинг. В высших учебных заведениях сосредоточен основной кадровый потенциал научных работников (около 75 % всех научных работников с учёными степенями), успешно функционируют научные школы по органической химии и химии высокомолекулярных соединений (БашГУ), машиностроению и обработке металлов давлением (УГАТУ), нефтехимии и нефтепереработке (УГНТУ).

Высказываются предложения по созданию Уфимского национального исследовательского университета на базе БашГУ, и придания статуса национального исследовательского университета двум другим крупнейшим вузам Уфы — УГАТУ и УГНТУ.