Нахабино известно как село с 1482 года, когда принадлежало боярам Плещеевым. В 1534 году село было продано Троице-Сергиевому монастырю. Название «Нахабино» произошло, по одной версии, от названия речки Нахабинки, по второй, более старой версии, название произошло от слова «хаб» означающем на старорусском — овраг, канава, то есть Нахабино — произносилось «на хабе», поселение на овраге.

В 1933 году на полигоне в Нахабино были запущены первые советские ракеты ГИРД-9 и ГИРД-10. В конце 1930-х годов здесь снимался фильм по повести Аркадия Гайдара «Тимур и его команда», в роли пионеров из команды Тимура снимались дети испанских коммунистов. С 2004 по 2010 годы здесь в 6-м учебном центре инженерных войск снимался телевизионный сериал «Солдаты».

Статус посёлка городского типа — с 1938 года.

В 2005 году в ходе муниципальной реформы было образовано муниципальное образование — городское поселение Нахабино, в состав которого помимо самого Нахабино включены деревни Желябино, Козино и Нефедьево и близ лежащие дома в Нахабино.

В Нахабино сохранились остатки построек усадьбы Болдино (середина XIX века): два флигеля и часть пейзажного парка с прудом.

В посёлке находится ряд православных церквей современной постройки: церковь-часовня Новомучеников Красногорских, церковь Покрова Пресвятой Богородицы, церковь Максима Исповедника, церковь Георгия Победоносца, Храм Даниила Московского (на территории войсковой части инженерных войск).

Рядом с Нахабино, близ деревни Желябино, находится загородный отель Москоу Кантри Клаб c 18-луночным гольф-полем.

В 2008 году в микрорайоне Новый городок был установлен памятник воинам-сапёрам Т-34-85. Мемориальный комплекс создан по инициативе и трудом военнослужащих, рабочих и служащих частей, учреждений и предприятий инженерных войск ВС РФ.